扬州大学学报编辑部是在原江苏农学院、扬州师范学院、扬州工学院、江苏商业专科学校等高校学报编辑部的基础上，于1997年扬州大学合并办学5周年之际成立。1997年创刊《扬州大学学报(人文社会科学版)》（双月刊）、《扬州大学学报(高教研究版)》（双月刊）；1998年创刊《扬州大学学报(自然科学版)》（双月刊）；1999年将《江苏农学院学报》更名为《江苏农业研究》、2002年将《江苏农业研究》更名为《扬州大学学报(农业与生命科学版)》（双月刊）。
扬州大学学报编辑部现有专职工作人员16人。其中具有正高专业技术职务3人、副高8人、博士12人。编辑部设主任1名，各版分设编辑室。
编辑部主任：刘 华；
人文社会科学版主编：陈亚平；副主编：俞洪亮 陈 耀 陈金刚（常务） 钱 澄；
自然科学版主编：郭 荣；副主编：刘祖汉 胡效亚 张 远（常务）；
高教研究版主编：姚冠新；副主编：叶柏森 孙显军（常务）；
农业与生命科学版主编：焦新安；副主编：张洪程 黄建晔 陈国宏 秦爱建 张立元（常务）。
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